本发明公开了一种磁悬浮轴承控制器检测方法、系统及应用，属于磁悬浮技术领域。本发明用于检测磁悬浮轴承控制器是否异常，包括：通信检测：通信成功时，进行电流检测或位移检测，通信失败时，判定磁悬浮轴承控制器异常；电流检测：磁悬浮轴承控制电流正常时，进行通信检测或位移检测，磁悬浮轴承控制电流异常时，判定磁悬浮轴承控制器异常；位移检测：磁悬浮轴承位移正常时，进行通信检测或电流检测，磁悬浮轴承位移异常时，判定磁悬浮轴承控制器异常；当判定磁悬浮轴承控制器异常时，磁悬浮轴承控制器检测结束。本发明能够准确地检测磁悬浮轴承控制器的位移、电流及通信功能是否正常，提高了磁悬浮轴承控制器的安全性与可靠性。