一种配电自动化主站系统运行状态的评价方法及系统，包括：基于配电自动化主站系统的运行参数、预设的评价指标分值和预先构建的评价指标模型计算运行状态指数；基于所述运行状态指数对配电自动化主站系统的运行状态进行评价；其中，所述评价指标模型包括：针对每个评价指标构建的计算式。本发明综合考虑了配电自动化主站系统的运行状态受运行环境、硬件资源、网络资源、系统应用水平、日常运行维护工作等多方面因素影响，提供了一套全面的配电自动化主站系统运行状态指标评价体系，能够配合现有配电自动化建设工作，为主站运行提供分析判断。