本发明提供了一种用于牙齿根管去腐质的凝胶组合物，包括：去腐剂0.2～5重量份；蛋白剪切剂6～15重量份；润湿剂2～15重量份；去离子水50～95重量份；增稠剂0.5～5重量份；蛋白分解催化剂0.5～4重量份；氯离子提供剂0.5～4重量份；pH调节剂0.6～1.5重量份；缓蚀剂0.05～2重量份；防腐剂0.05～0.4重量份；着色剂0.01～0.1重量份。本发明由上述去腐剂、蛋白剪切剂、润湿剂、去离子水、增稠剂、蛋白分解催化剂、氯离子提供剂、pH调节剂等配合，通过蛋白剪切和分解作用，配合去腐剂和特定的pH条件下，其去腐质快，配合根管挫对牙根伤害小，解决了牙科医生根管治疗去腐的问题。