本发明涉及一种间充质外泌体分离提取装置及其方法,其装置包括底座、提取箱、分离筒、色谱填料柱、箱门、进料管、出料管和控制系统，底座上表面固定有提取箱，提取箱内部固定有分离筒，分离筒内部固定有色谱填料柱，分离筒底部连通有出料管，出料管穿过提取箱延伸至外，出料管上安装有电磁阀；箱门上安装有进料管，进料管上安装有水泵和电磁阀；本发明装置设计科学合理，自动化程度高，可自动化对血清血浆中的外泌体进行分离，减少人力物力，提高提取效率，方便使用；利用色谱填料柱，采用三种溶液三次洗涤，因外泌体没有经高强度离心运动，其结构得到较好的保护，从而得到更加完整纯净的外泌体，有利于下游的分析。