本发明公开田鼠巴贝虫2D33和2D36抗原蛋白及其应用，其氨基酸序列分别如SEQ ID NO：4或SEQ ID NO：6所示，其编码基因序列如SEQ ID NO：3或SEQ ID NO：5所示。本发明获得了田鼠巴贝虫的免疫反应谱，在特异性IgG抗体的蛋白芯片分析中，重组蛋白Bm2D33和Bm2D36均呈现出与急性阶段后鼠血清的免疫反应明显下降的效果，能够用于检测或诊断田鼠巴贝虫病从急性期转入慢性期的疾病转变进程。而且重组蛋白Bm2D33和Bm2D36在与恶性疟疾病人血清的交叉反应试验中表现出很高的特异性，特异性100％。