本发明公开了一种太赫兹叠层成像探针位置误差校正方法，该方法包括将探测器采集到的衍射图样进行角谱回传到物平面，由于物平面的衍射图包含着物函数的信息，通过对相邻两幅衍射图回传的物面幅值做互相关运算，由于物面幅值交叠处存在着重复的部分，所以可以通过寻找相关峰得出相邻两幅探针位置的偏移量，定义初始点位置后便可得到全部探针的位置信息，将求得的位置作为输入，用来作为叠层迭代算法探针的位置坐标。通过相邻携带样品信息的小孔衍射图，用亚像素匹配的方法计算得出探针在物平面位置信息。以亚像素精度获取探针与样品的相对位置变化量，提高迭代算法的运算效率以及收敛速度，并提高成像保真度。