本发明公开了一种防止EEPROM存储区校验误判发生的方法及装置，该方法包括：判断在对EEPROM进行数据存储时是否允许停止第一程序组，如果是，则停止第一程序组的运行，使得对EEPROM进行数据存储，其中，第一程序组表征除EEPROM数据存储程序之外的程序；停止该第一程序组保证存储过程中存储数据不发生改变，防止因为存储过程中存储数据的改变导致的校验不通过的问题。若不允许，则将EEPROM存储区进行存储划分得到存储单位；并对计算获得的存储单位的总和校验码进行校验，获得校验结果。因为存储单位的存储时间较短，存储过程中数据改变的可能性极小，控制器可以直接使用备份区的数据将存储数据的损失降低到最小。