本发明公开了一种降低氟化铵中氟硅酸铵的方法，包括：氟硅酸过氨化反应得到的含二氧化硅氟化铵混合溶液，其氟化铵质量浓度为20~35%，二氧化硅质量浓度2~15%，PH值8.0~10；将氟化铵混合液压滤机过滤，除去绝大部分二氧化硅，得含少量二氧化硅的氟化铵溶液；将含少量二氧化硅的氟化铵溶液在滤液槽静置澄清1~3h，大部分二氧化硅沉降底部，将上层为氟化铵清液再次进行孔径3~10微米微孔精滤，湿滤饼返回压滤机进料槽；滤液进入浓缩原料槽进行静置澄清1~3h，取上层氟化铵清液进入浓缩系统，后序按常规浓缩、通氨、结晶、离心分离得到氟化铵成品。本发明能有效降低氟化铵中的氟硅酸铵，能耗低，环保。