本发明涉及一种UPQC协调控制方法和系统，当配电网侧电压发生跌落时，控制串联变流器的补偿输出电压为串联变流器的额定电压，能够保证负载侧电压的幅值保持不变，保证了串联变流器的补偿电压和补偿功率不超过其额定值的限制，使串联变流器以额定状态运行，最大限度地利用了串联变流器，使串联变流器和并联变流器共同承担负载功率，并且，当配电网侧电压发生跌落时，储能装置开始为负载提供电压跌落时所需的有功功率，在该储能装置的作用下，控制并联变流器输出相应的补偿输出电流，将配电网侧电流补偿为正常工况下负载侧电流的有功分量，以防止电压跌落时馈线电流的增大，可有效避免电压跌落时发生过电流的风险。