本发明公开了一种鉴定甜瓜雌花着生部位的InDel分子标记及其引物和应用，该InDel分子标记位于甜瓜的5号染色体1020657bp处，其核苷酸序列为5’‑AGATTTAGT‑3’，该序列在甜瓜基因组中的缺失/插入状态与甜瓜雌花的子蔓/主蔓分布部位密切相关。本发明对甜瓜雌花着生部位性状开发了紧密连锁的InDel分子标记InDel_mpfPr99，设计出扩增该标记的上游引物序列5’‑TATAAATTTGGTCTGAAGAA‑3’，下游引物序列5’‑AAACGACTAACCTCTAACTT‑3’，通过PCR检测InDel分子标记InDel_mpfPr99可在苗期快速准确鉴定出植株的雌花着生部位，筛选相关基因型幼苗，有助于甜瓜分子育种辅助选择，与同类标记技术相比，具有简单准确，快速高效的优点。