本发明涉及一种模拟移动床色谱过程仿真系统，所述仿真系统由体系参数文件、输出结果文件以及链接所述体系参数文件和所述输出结果文件的Matlab指令集组成，所述体系参数文件和所述输出结果文件以Excel格式存储，所述Matlab指令集包含读取模块、仿真模块和输出模块，所述读取模块用于读取所述体系参数文件中的全部参数；所述仿真模块应用多种算法，根据所述参数计算生成所述模拟移动床色谱过程结果；所述输出模块将所述结果存储于所述输出结果文件。本发明的系统具有界面友好，易于操作的优点，能高效、快速、准确地对模拟移动床色谱过程进行仿真优化，加速了模拟移动床色谱工艺过程的开发效率。