鉴定珠星雅罗鱼和三块鱼的分子标记和方法，涉及一种三块鱼属群体鉴定领域。本发明第一种鉴定分子标记引物对为A8。本发明第二种鉴定分子标记引物对为A11。鉴定珠星雅罗鱼和三块鱼的方法：一、样本DNA的提取；二、PCR检测；三、PCR扩增产物的琼脂糖凝胶电泳；四、PCR结果判定。本发明方法简化了珠星三块鱼与三块鱼种质分子鉴定的步骤，根据琼脂糖凝胶电泳结果可视化的区别珠星三块鱼和三块鱼，具有步骤简单、可操作性更强、设备要求更低，鉴定过程更快、鉴定结果更准确的优点。本发明方法可避免人工繁殖造成的种质混杂，保护种质资源。