本发明公开了一种用能强度多点计量差值超过限值判断方法及系统，所述方法包括：通过能源计量管理系统主站获取当日用能侧计量设备的用能强度数据以及其对应的供能侧计量设备的用能强度数据；确认用能侧计量设备当日的供能流量值是否在预设的区间内；若未超出，计算用户当日用能强度误差值；根据所述用户当日用能强度误差值与预设的误差阈值进行比较，确定所述当日用户侧用能强度是否超出限值；所述方法及系统根据在同一能源输送线路上的2个不同计量设备的用能强度比较结果，分析计量设备是否处于正常工作状态，以及用户是否存在非正常用能的可能性。