本发明提供了一种氢综合利用系统的电热输出控制方法及装置，该氢综合利用系统包括燃料电池系统及供热回路，该供热回路安装在燃料电池系统的冷却回路中，根据电能需求，计算燃料电池的需求进气流量，通过氢气路质量流量调节器调节氢气进气量，通过控制空气路空压机或鼓风机的转速或质量流量调节器调节空气路进气流量，并根据需求输出电流调节水泵转速或水路比例阀，控制冷却水的流量，进而控制燃料电池的进出口温差，并通过控制散热器或冷水机等其他冷却设备以调节进口水温，保障燃料电池内部的水热平衡，通过调节供热水路流量来满足热需求，改变电热输出。通过实施本发明，使得燃料电池系统的实际输出电热随着用户的需求而变化，灵活性好。