本发明属于轨道交通车辆车载供电技术领域，涉及一种轨道交通车辆主辅一体化模式能量双向流动的辅助供电系统，所述辅助供电系统包括：辅助逆变器、辅助变压器、充电机和蓄电池；所述充电机包括：电压型PWM整流器；所述辅助供电系统使用电压型PWM整流器作为充电机的主体，能实现能量双向流动。所述辅助逆变器正常工作时，充电机工作在整流工况，为蓄电池和低压直流负载供电。辅助逆变器停止工作时，将充电机更改为逆变工况，用蓄电池为风机等交流负载供电，实现能量在交流侧和直流侧双向流动。若有应急牵引的需求，则修改辅助逆变器和辅助变压器的相应参数，并提高蓄电池容量，实现能量从辅助供电系统到牵引系统的流动，完成应急牵引的功能。