本发明公开了一种高木糖含量的甘蔗汁制备方法包括如下步骤：将甘蔗洗净后削皮，置于搅碎机中搅碎后过滤得到甘蔗渣和甘蔗原汁，将所述甘蔗渣常温蒸发至甘蔗渣的水分百分含量为15～17％后置于冷冻粉碎机中冷冻粉碎；向粉碎后的甘蔗渣添加混合酶制剂后置于室内常温放置3～5h，再采用微波辐射，于200～220℃热软化处理1～2min，再与所述甘蔗原汁混合后调配得到所述甘蔗汁，所述混合酶制剂由降解酶、酶激活剂、戊二醛、麦芽糖、柠檬酸、硼氢化钠混合制成。本发明的甘蔗汁制备工艺酶解时间短，制备得到的甘蔗汁木糖含量高，保健效果好。