本发明涉及一种高流动性阳离子改性共聚酯的制备方法，将二元酸I、二元醇I和高流动性支化结构改性剂混合均匀后进行酯化反应，酯化反应结束后引入间苯二甲酸‑5‑磺酸钠与二元醇II的酯化产物进行预缩聚反应和终缩聚反应制得高流动性阳离子改性共聚酯；高流动性支化结构改性剂为均苯四甲酸酐、环戊烷四酸二酐、二苯酮四酸二酐、偏苯三酸酐、偏苯四酸二酐、均苯四甲酸、环戊烷四酸、二苯酮四酸、偏苯三酸和偏苯四酸中的一种以上，二元醇II为丁二醇、戊二醇、己二醇、庚二醇、辛二醇、壬二醇和癸二醇中的一种以上。本发明通过引入两种改性组分，显著降低了流动活化能，降低了共聚酯熔体流动过程中与管壁的作用力，有效控制熔体粘度降。