本发明公开了一种含嗜盐反硝化菌YL5-2的微生物菌剂及其应用。一种微生物菌剂，含有嗜盐反硝化菌YL5-2，YL5-2为Halovibrio属的新物种，保藏于中国普通微生物菌种保藏管理中心，保藏号为CGMCC NO.16315,保藏日期为2018年8月20日。本发明所述的微生物菌剂在高盐废水处理中的应用。YL5-2可用于盐含量大于10％的高盐废水的生物脱氮处理，降低此类废水的脱氮处理成本。本发明公开的嗜盐反硝化菌YL5-2制备的微生物菌剂，可以用于高盐条件下污染物的降解、转化和生物脱氮过程，包括高盐废水处理，污染海水治理，盐碱地修复，消耗氮素营养，抑制藻类过度繁殖，净化水体，改良底质等。