本发明公开一种飞行器位置信号融合滤波方法，包括：采集GPS输出的东向和北向速度信息，采集惯性测量单元输出的车辆体轴系下的加速度信息和磁力计输出的磁航向角信息，并对GPS输出的东向和北向速度信息进行滑动中位滤波；采集GPS输出的经、纬度位置信息，采集GPS输出的地面速度信息并结合上述得到的经滑动中位滤波后的东向和北向速度信息对GPS输出的位置信息进行滑动中位滤波；利用上述得到的经滑动中位滤波后的东向和北向速度信息以及上述得到的经滑动中位滤波后的位置信息对IMU输出的飞行器机体轴系下的加速度信息进行融合校正，将校正后的机体坐标系下的加速度转换到惯性坐标系下并对其进行二次积分。本发明可以获得可靠的飞行器位置信息。