本发明提供水稻耐淹基因Sub1共显性分子标记及应用。所述分子标记包括一个SNP标记和一个InDel标记，分别位于水稻9号染色体基因Sub1A和Sub1C上。其中，所述SNP标记在Sub1A基因上的多态性位点为G/C，所述InDel标记在Sub1C基因上的多态性位点为5’-GCCGTCG-3’/5’-CA-3’。针对所述分子标记设计特异性扩增引物，通过PCR扩增进行Sub1基因型的检测。本发明提供的Sub1的分子标记及其扩增引物可用于鉴定水稻Sub1的基因型，选育耐淹水稻资源，具有鉴定准确性高，操作简单，成本低廉等优点，能够缩短耐淹水稻的育种周期，降低育种成本。