本发明公开了一种原子力显微镜的探针修饰方法，属于原子力显微镜探针修饰技术领域。包括如下步骤：(1)微球修饰：将无针尖的探针的前端浸入环氧树脂混合液中，然后在沾有环氧树脂混合液的探针的前端粘上微球，待环氧树脂混合液固化后得到微球修饰的探针；(2)官能团修饰：将经过步骤(1)得到的微球修饰的探针的前端浸入环氧树脂混合液中，然后将探针的前端浸入官能团修饰液中，待环氧树脂混合液固化得到官能团修饰的探针。本发明能够降低原子力显微镜的探针在官能团修饰时的难度、提高官能团修饰的成功率。