本公开提出了基于两层优化的主动配电网储能系统优化配置方法及系统，构建两层优化的内外层模型；在短时间尺度的内层优化中，构建以上网功率高频分量变异系数和可再生能源浪费率最小为目标的优化模型，并利用标量化方法和粒子群算法求解；在长时间尺度的外层优化中，构建以投资成本和可再生能源浪费率最小为目标的优化模型，并采用NSGA‑II算法求解其Pareto最优解；两层优化的内外层模型以可再生能源浪费率、储能系统配置位置和容量为耦合变量交替迭代求解。本公开将短时间尺度的主动配电网运行控制和长时间尺度的储能系统规划，充分考虑了主动配电网运行控制代价和收益的变化对，储能系统规划的影响，具有较高的工程实际应用价值和先进性。