本发明公开了一种基于生物转化发酵的氨糖制备方法，包括以下步骤；第一步、酸解：在密闭的带有搅拌装置的耐酸容器中，先投入800到1000公斤发酵法生产柠檬酸过程中产生的废渣，再加入质量浓度为30％-38％的盐酸900-1200公斤，开启搅拌，温度升至75-95度，保温反应12-15小时，第二步、冷却和压滤：将上述反应后的料液降温冷却至l摄氏度以下，使结晶从料液中析出，过滤，得粗产物。该基于生物转化发酵的氨糖制备方法，利用柠檬酸废渣用来制备氨糖，避免了传统利用甲壳类物质制备氨糖带来的甲壳素，降低了病患过敏的风险同时可以有效地抑制原发性和继发性骨关节疾病，通过植物源氨糖减缓关节表面软骨的磨损，增生，抑制疼痛。