本发明属于光学图像处理技术领域，公开了一种基于快速导向滤波(Fast Guided Filter，FGF)的多聚焦图像融合方法及系统，用均值滤波对源图像进行平滑，移除源图像中的小结构，并对源图像进行分解得到源图像的基础层和细节层；将拉普拉斯滤波和高斯低通滤波先后对源图像进行滤波处理，得到源图像的显著图；通过对比源图像显著图像素大小得到对应源图像的权值图；将源图像作为引导图像并利用FGF对权值图进行分解优化，分别得到优化的权值图基础层和细节层；根据一定的融合规则，将基础层和细节层对应像素融合；将融合后的基础层和细节层合并，得到融合图像。本发明不但能够有效提高源图像中的聚焦区域检测准确性，且能极大提高融合图像的主客观品质。