为了解决现有技术中对于蛋白质结构预测存在的精度低、计算时间长的问题，本发明记载了一种基于蚁群鱼群算法的蛋白质折叠预测的方法，涉及蛋白质结构预测领域，技术方案如下：步骤一：蚁群算法初始化设置，人工鱼群算法初始化设置，形成新的初始种群；步骤二：交替迭代生成新的初始解；步骤三：判断拥挤度；若拥挤，则种群保持原态，随机前进一步，重复执行步骤二，若不拥挤，则朝种群的中心位置方向前进一步，种群执行步骤四；步骤四：更新信息素浓度和公告栏信息；步骤五：计算适应度；步骤六：判断是否满足条件；若满足条件，输出结果，若不满足条件，返回至步骤二。本发明能够在运算精度高、搜索时间短的情况下搜索到蛋白质序列的最低能量值。