本发明提供一种低渗油藏水段塞辅助氮气吞吐驻留封存的方法，该低渗油藏水段塞辅助氮气吞吐驻留封存的方法包括:步骤1，模拟初始油藏条件；步骤２，模拟天然能量降压开发；步骤３，模拟氮气吞吐开发，天然能量降压开发结束后，开展氮气吞吐；步骤４，模拟氮气+水吞吐开发。该低渗油藏水段塞辅助氮气吞吐驻留封存的方法对氮气吞吐后期产生的气窜有一定的封堵作用，使得地层压力下降速度减慢，为气体驱动、携带原油提供了充足的能量，可以通过加入水段塞，提升注入压力，提高气体的扩散能力。