本发明提供一种双管错位交替顶进的施工方法，包括如下步骤，S1、施工准备：开挖工作井和接收井，在工作井上标记顶管预留洞口位置；S2、设备安装：根据顶管预留洞口的位置安装两组导轨，在工作井内安装顶管刚靠背、主顶设备、顶管机以及注浆设备；S3、顶进准备；S4、初次顶进：将顶管安装在顶管机上，启动左侧的主顶设备和顶管机，使顶管顶进一段距离后停止顶管顶进并开始焊接作业，再按上述步骤进行右侧管道的顶进施工和焊接；S5、交替作业：重复步骤S4中的施工步骤交替对两个管道进行施工；在步骤S4和步骤S5的顶进过程中，启动注浆设备进行注浆工艺。本发明通过双管交替顶进作业，实现两条施工线路的同步施工，减少施工成本和施工时间。