本发明公开了一种变电站内涝预警方法及预警系统，通过计算变电站内部空间离地不同空间高度上未被固定物占用的空置面积，建立变电站积水量与该空置面积、空间高度的关系函数；根据变电站内排水管道物理参数评估变电站下水管网最大排水能力；根据预测雨量、变电站下水管网最大排水能力和应急排水设施排水能力，计算变电站单位时间内累积的积水量和水位；根据计算所得的变电站积水量和水位对变电站是否发生内涝进行预警。本发明的方法能够实现对变电站内涝的预测预警，有效指导变电站防涝排涝工作，减少强降雨灾害对电网企业和全社会造成的影响。