本发明涉及水稻抗褐飞虱BPH9复等位基因的通用共显性分子标记及其检测方法和应用。本发明提供水稻抗褐飞虱复等位基因BPH1/10/18/21、BPH2/26、BPH7、BPH9的通用分子标记，其位于水稻第12号染色体第22874098～22874099bp处，其多态性为5’-TG-3’/5’-CC-3’/5’-CA-3’。本发明提供的抗褐飞虱复等位基因的通用共显性分子标记可通用于复等位基因BPH1/10/18/21、BPH2/26、BPH7、BPH9的纯合或杂合基因型的鉴定，实现抗褐飞虱水稻资源的BPH1/10/18/21、BPH2/26、BPH7、BPH9基因型的高效准确鉴定。