本发明公开了一种主动配电网三相不对称运行动态仿真方法、系统及存储介质，所述方法包括：采用三元组表示主动配电网三相负荷不对称度，并将三元组分解为对称元件模型和不对称元件模型；将预建立的光伏集群模型按照预设的接入方式接入主动配电网；根据分解获取的对称元件模型和不对称元件模型，按照预设仿真步长对主动配电网进行仿真，获取主动配电网三相不对称运行动态仿真曲线。本发明考虑了主动配电网的三相负荷不对称度，能够实现主动配电网三相不对称运行的动态仿真。