本发明公开了一种长短果枝海岛棉轮作种植的高产栽培方法，包括如下步骤：秋耕冬灌、精细整地、适宜品种的准备、田间种植模式、科学田间管理、适时采收；本方法将长、短果枝两种类型海岛棉间作种植，可增加长果枝海岛棉的边际效应，有效提高空间资源的利用率，极大提高经济效益，其主要采用新疆当前常用的机采棉种植模式，一膜4行，1膜长果枝松散株型海岛棉，接着2膜短果枝紧凑株型的海岛棉，再接着1膜长果枝海岛棉，如此重复排列，优化了作物在田间的配置，整体形成“松-紧-松”株型结构交替排列的种植布局，在海岛棉纤维品质基本保持无显著差异，但其籽棉产量可增加10.07％，皮棉产量可增加10.95％，显著提高了单位面积棉花的产量和效益。