一种一年两季南瓜杂交制种方法，包括如下步骤：3月～7月及7月～11月夏秋季茬口管理两个阶段；两个阶段均包括整地移栽、田间管理、人工授粉、采摘及取种6个步骤。与现有技术相比，本发明具有以下优点及有益效果：本发明采用温室及小拱棚育苗，通过合理安排茬口及农艺措施来达到降低高温或低温对南瓜生长发育负面影响的效果，从而实现南瓜杂交制种的一年两季生产。春季较常规南瓜制种方法能够提早15‑20天收获，夏秋季同样能够获得稳产、优质南瓜杂交种子。