本发明涉及一种鱼苗自动分离装置的控制方法，所述鱼苗自动分离装置包括储水鱼箱，吸鱼泵管、吸鱼泵、出鱼管道、分鱼滑道、识别控制机构和回流水槽。所述分鱼滑道包括若干平行的单滑道，每个单滑道由活动段滑道和固定段滑道组成。所述识别控制机构包括图像识别装置、摆动气缸和电控模块，所述回流水槽位于活动段滑道尾部的斜下方，当摆动气缸工作时，活动段滑道尾部摆动，滑道内的鱼落入回流水槽中；摆动气缸不工作时，鱼苗由活动段滑道进入固定段滑道中，鱼苗自动分离装置的控制方法，包括四个步骤。本发明能够对鱼背向上的鱼苗进行有效分离，为鱼背进针注射创造了有利条件，减少或避免因腹腔注射而引起的鱼苗死亡。