本发明属于家畜分子生物学技术与遗传育种领域，公开了猪肉质性状相关基因Prox1的分子克隆及应用，利用双荧光酶活性分析技术确定了猪Prox1基因启动子区活性区，在‑1182/‑1957bp区域存在影响启动子活性的正调控元件；而在‑1182/‑682bp区域、‑682/‑192bp区域，以及‑192到+122bp区域均存在影响启动子活性的负调控元件。本发明在猪Prox1基因启动子序列中鉴定了18个遗传变异位点，并证明其中三个完全连锁的遗传变异位点与猪肉pH性状存在显著相关，可作为猪生产性状辅助选育的重要分子标记。