本发明属于药物筛选领域，公开了一种抑制石斑鱼病原弧菌的药物先导化合物筛选方法，所述抑制石斑鱼病原弧菌的药物先导化合物筛选方法为：采用紫海胆的放线菌利用分菌技术进行分离，利用培养技术和萃取技术得发酵液浸膏，通过活性筛选和结构新颖性筛选有价值的放线菌，对放线菌进行小规模发酵、提取浸膏，对提取的化合物进行分离，并进行结构鉴定，活性确认。本发明首次对海南南海紫海胆肠道放线菌的活性次级代谢产物进行检测与筛选，首次利用海洋生物肠道放线菌发酵产物筛选抗石斑鱼病原弧菌活性的活性分子，从中筛选出抑制石斑鱼病原弧菌的药物先导化合物。