本发明公开了一种多隧洞并行的隧道结构及其施工方法，包含至少一个隧道一和一个隧道二，所述隧道二为暗挖隧道，至少一个所述隧道一包含隧道段一，所述隧道二包含隧道段二，所述隧道段二与隧道段一间的净距小于6m，所述隧道段二与隧道段一间设置有若干个隔离桩，所有所述隔离桩间隔设置，所有所述隔离桩的外缘距离所述隧道段二的外缘的最小间距为小于或等于0.5m，每个所述隔离桩上设有位移沉降监测装置。采用本系统能够有效地阻断了相邻两个隧道施工引起的应力传递，避免净距不足时开挖暗挖隧道出现安全事故，便于监测扰动影响，降低开挖过程中的风险，优化全线的施工组织，有效提高施工效率，缩短工期，降低工程造价。