本发明公开了一种微差压多系统供水控制系统，包括第一主控单元、第二主控单元、第一水泵、第二水泵、第一压力传感器和第二传感器，所述第一主控单元通过线路分别连接第一水泵和第一压力传感器，所述第二主控单元通过线路分别连接第二水泵和第二传感器，所述第一水泵与第二水泵分别安装于水管的供水端口，所述第一压力传感器与第二传感器安装于水管的管腔内。本微差压多系统供水控制系统，不会出现泵机切换或突然变频转换工频或工频而突然停止等状态，故水压会比传统变频供水更加恒定，而且避免了泵机频繁切换造成的电能浪费与损耗，具有节能效果明显改善、泵机寿命增加的优点。