本发明公开了应用于长周期波涌浪条件下的高桩承台钢吊箱封底方法，包括以下步骤：步骤一、在吊箱的钢底板上焊接竖向撑杆，将各钢护筒之间采用上层横联焊接，完成水下钢护筒和吊箱底板间隙的封堵；步骤二、进行第一层水下封底，水泵强排至干施工条件；步骤三、在二次干封底高度内钢护筒之间焊接下层横联支撑，将竖向撑杆由上层横联转换焊接于下层横联；步骤四、在二次干封底范围内配置钢筋，并在钢护筒周围转换拉压杆、焊接剪力钉，之后干浇筑形成第二层加强底板；步骤五、拆除上层横联，切除上部的钢护筒和竖向撑杆，施工承台。本发明能够抵御长周期波涌浪水平作用力和竖向作用力的反复冲击，解决了封底混凝体结构安全、耐久性及漏水问题。