本申请公开了一种导管架水下灌浆应急封堵系统及施工方法，该系统包括：导管架、钢管桩、导向块、封隔器和第一封堵单元，钢管桩插入导管架内部设置，且两者之间形成环缝；封隔器设在导管架的底部内壁上；导向块设置在导管架的内壁上，且其设置高程高于封隔器的设置高程；第一封堵单元设置在环缝中，且第一封堵单元的设置高程低于封隔器的设置高程。该方法，包括：通过水下探摸或灌浆尝试判断封隔器失效；测量导管架底部的悬空高度和不同位置环缝的间距；对第一封堵单元进行水下施工；通过第一灌浆管线打封底灌浆层；通过第二灌浆管线及第N灌浆管线对环缝进行灌浆。本申请方法简单，现场可实施性较强，施工时间短，可有效解决现场漏浆问题。