本发明公开了一种脱抗原肌腱处理方法，包括如下步骤：(1)取离体新鲜肌腱，使用生理盐水洗净血污、杂质；(2)将肌腱浸泡于PBS缓冲液中，震荡过夜，生理盐水清洗；(3)将肌腱浸泡于含有羟乙基淀粉和硫酸软骨素的浸泡液中，进行阶段性加压处理1‑2次；(4)对加压处理后的肌腱进行脱抗原处理；(5)对肌腱进行辐照灭菌。本发明通过PBS预处理、阶段性加压处理、脱抗原处理及辐照灭菌过程中各参数的相互配合，有效去除肌腱所附抗原物质，并且保证了肌腱的力学强度、生物相容性，降低了肌腱的细胞毒性。