本发明提供了一种鉴定新郁葡萄和巨峰葡萄杂交种的SSR分子标记，SSR分子标记为5对SSR标记引物VMC7h3、Scu15vv、Vchr13a、UDV‑088和VrZAG67，还提供了其应用，父本巨峰、母本新郁和新郁葡萄和巨峰葡萄杂交种的DNA提取，建立PCR反应体系及扩增反应程序，进行PCR产物的电泳分离后，对依次用5对SSR标记引物对杂交种真实性进行鉴定。本发明通过前期筛选的5对SSR标记引物用于鉴定新郁葡萄和巨峰葡萄杂交种，能鉴定出真杂交种，能快速检验新郁葡萄和巨峰葡萄杂交工作成效，并提前剔除假杂交种后代，有利用提高育种效率，节约成本。