本发明公开了一种湖底淤泥采样器，包括湖面以下竖向的淤泥采集筒，所述淤泥采集筒为上下贯通的筒体结构，且所述淤泥采集筒的筒内壁为光滑内壁；所述淤泥采集筒的外壁上一体化同轴心设置有环柱状的气囊箱体，所述气囊箱体的内部同轴心设置有气囊容纳环腔，所述气囊容纳环腔的环腔上壁上均布镂空设置有若干上漏气孔；本发明的结构简单，采用配气装置通过供气管向气囊腔抽取或注入气体，进而能使弹性气囊膨胀或收缩；所述弹性气囊的膨胀和收缩能使淤泥采集筒做下沉和上浮的运动，进而模仿潜水过程进行湖底取样，避免人工潜水的情形。