本发明公开了一种利用斑马鱼评价全氟化合物神经发育毒性的方法。对全氟化合物急性暴露后转基因斑马鱼脑部神经特异性荧光蛋白表达量(显微观察)、野生型斑马鱼仔鱼的运动行为、神经递质(乙酰胆碱、多巴胺、3,4‑二羟基苯乙酸、氨基丁酸和羟色胺)、神经发育相关基因(chrna7，ache，mbp，a1‑tubulin，shha，elavl3，gap43syn2a，gfap，bdnf，TH2，htr1ab，htr1b，htr2a，htr1aa，htr5a，DAT，Nr4a2b)及蛋白表达水平进行测定。将转基因斑马鱼与野生斑马鱼相结合，阐述上述指标和神经发育毒性的联系，能够全面、准确的评价全氟化合物的神经发育毒性水平。