本发明公开了一种水源涵养功能生态红线区的划定方法，步骤包括：1)确定目标区域及研究时段，收集相关数据；2)获得目标区域的坡度栅格数据及坡度因子栅格数据；3)计算得到每个气象站每年降水数据、每年降水栅格数据、每年降水因子栅格数据及多年平均降水因子栅格数据；4)得到目标区域各气象站每年净初级生产力数据、研究区域的每年净初级生产力栅格数据及多年平均净初级生产力栅格数据；5)得到土壤渗流因子栅格数据；6)得到生态系统水涵养服务能力指数栅格数据；7)按照自然断点法进行重新分类，将目标区域划分为三类区。本发明的划定方法，凭借较少的数据快速简单划定生态红线，准确性高。