本发明实施例提供了一种柔性交直流互联系统的直流双极短路故障保护方法，应用于阀基控制器，该方法包括：获取柔性交直流互联系统各桥臂的桥臂电流及各子模块的电容电压；根据各桥臂的桥臂电流判断柔性交直流互联系统直流侧是否发生过电流；根据各子模块的电容电压判断柔性交直流互联系统直流侧是否发生欠电压；当柔性交直流互联系统直流侧发生过电流且发生欠电压时，判定柔性交直流互联系统发生直流双极短路故障，控制柔性交直流互联系统的换流阀闭锁。本发明实施例中的直流双极短路故障判别及保护完全由阀基控制器来实现，缩短了故障判断、通信及动作出口的总时间，有利于减少故障的扩散及对设备和系统的危害。