本发明涉及一种鱼菜共生双层集装箱系统，属于生态养殖系统技术领域。本发明包括位于顶部的温室、以及位于底部的养殖室，其中，温室由阳光板构成，温室内布置有由上至下分为若干层的种植支架，每层种植支架并排放置若干组用于蔬菜种植的种植槽，种植槽之间由连通管相贯通；养殖室由集装箱构成，养殖室靠近集装箱门一侧底部并排设置有台阶、工具箱和集污室，台阶位于工具箱和集污室之间，养殖室的另一侧设置有用于鱼类养殖的养殖池及污水净化的净化池，位于两侧的养殖池和位于中间的净化池构成W型养殖系统；其适合在城市社区、居民楼顶等地使用，设备吊装安放即可，具有方便快捷和操作简单的优点，是水产养殖与园艺种植交叉与结合的优秀成果。