本发明公开了一种基于录波文件的暂态同源数据比对方法，获取采集单元和保护装置的通道映射关系；获取同一组故障产生的保护装置和录波采集单元的各自的录波文件；获取采样零时刻点的横坐标X1；对采集单元和保护装置的同一故障的录波文件的同一通道的前一个周波、后一个周波和后两个周波的有效值、相角、变位时刻绝对时间和开关量状态进行对比告警。本发明能够通过获取采集单元和保护装置每次启动的故障录波文件来实时监测同数据源的差值情况，并且有直观告警提示，提高智能变电站运维检修效率。