本发明属于工厂虚拟仿真相关技术领域，其公开了一种基于数字孪生的混流装配车间快速重构方法及系统，该方法包括以下步骤：(1)构建混流装配车间的数字孪生车间模型；(2)采用构建的混流装配线仿真模型来求解混流装配线设计与平衡问题，以获得最佳装配工位任务分配方案；并采用构建的物料存储区仿真模型来求解获得最佳配料区储位物料分配方案，进而基于该最佳装配工位任务分配方案及该最佳配料区储位物料分配方案来设计试验，以求解得到最佳物料配送系统方案；(3)采用该数字孪生车间模型来对步骤(2)得到的混流装配车间重构方案进行仿真模拟验证与人工检验调整，以得到最佳重构方案。本发明高效且使用，灵活性较高，提高了重构效率。