本发明涉及一种互联电网系统运行数据处理技术领域，是一种含可再生能源发电的互联电网系统互补性指标计算方法，包括以下步骤：第一步建立互联电网系统电源时空功率曲线矩阵；第二步利用余弦定理计算互联电网系统的相关性矩阵M；第三步根据相关性矩阵M生成互联电网系统互补电源对集合；第四步计算互联电网系统的互补性指标。本发明能计算互联电网内空间上分布式各电源在特定的连续调度时段内的互补性指标，将互联电网整体的互补性进行量化，利用量化的系统互补性指标整体评估系统的可再生电源间的互补程度，从而评估互联电网不同运行模式下对电网调度资源需求的情况，快速优选出具有最大互补性的调度方案，在互联电网内最大程度消纳新能源发电。