本发明公开了一种眼底图像拼接方法及系统，方法包括：读取采集到的多张眼底图像，由多张眼底图像中选取一张眼底图像作为图像配准的最佳基准图；采用基于Segnet图像分割模型的血管提取算法，对最佳基准图进行血管影像提取，获取相应的最佳基准血管影像，并对其余的每一张眼底图像均进行血管影像提取，获取相应的眼底血管影像作为待配准图；基于对数极坐标，对每一张待配准图均与最佳基准血管影像进行图像配准，得到相应的配准影像图；对于多张配准影像图，采用基于距离矩阵的像素值加权融合方法，对多张配准影像图进行加权融合，得到最终的眼底图像拼接图。其有效提高了拼接图的质量，解决了传统的眼底图像拼接方法具有一定局限性的问题。